Su clásico rival de la ciudad, con el que disputa el Clásico paisa, es el Independiente Medellín, a quien, de los 270 clásicos jugados, le ha ganado 110, han empatado 83 veces, y ha perdido en 77 oportunidades. Además, disputa grandes clásicos con Deportivo Cali, Santa Fe y Once Caldas, ya que éste último también fue campeón de la Copa Libertadores. De igual manera, Atlético Nacional sostiene unas fuertes rivalidades con Millonarios y América de Cali.
Ha conquistado once veces el título de la Primera A. En el ámbito internacional es el máximo ganandor de títulos internacionales en Colombia , fue el primer campeón colombiano de la Copa Libertadores de América en 1989 , campeón de la Copa Interamericana en 1990 y1997, y de la Copa Merconorte en 1998 y 2000. Ha sido subcampeón de la Copa Intercontinental en 1989, de la Copa Libertadores en 1995, de la Copa Sudamericana en 2002, y de la Recopa Sudamericana en 1990. Estos títulos le han valido el calificativo de Rey de Copas Colombiano.
Los colores que identifican al club son el blanco y el verde. Además del negro que se ha utilizado en algunas temporadas. En lo que respecta a su escudo, ha mantenido los colores de la bandera del departamento de Antioquia, así mismo como su bandera.
En el ranking de los mejores clubes sudamericanos del siglo XX publicado por IFFHS se ubica el club en el puesto 13, siendo el segundo equipo colombiano por detrás del América de Cali (9º) y por delante del Deportivo Cali y Millonarios. En el ranking mundial de clubes del Siglo XXI (2001-2010) aparece en el lugar 87º, siendo el primer equipo colombiano y junto con América de Cali los únicos colombianos en el top 100. En el actual ranking mundial de clubes realizado por IFFHS aparece en el puesto 154 en el top 350
Nacimiento y amateurismo
El equipo de barrio que dio origen al Atlético Nacional nació en 1935 en un potrero del barrio Buenos Aires al centro-oriente de Medellín con el nombre de Unión FC. En 1943 se fusionó con otro equipo amateur llamado Indulana, pasando a ser Unión Indulana. El nombre duró de 1943 a 1945.
Primeros pasos destacados (1971-1986)
En los años setenta el equipo deja de tener la imagen de equipo chico y comienza a transformarse en equipo grande, debido a las conquistas que comenzó a obtener. El año de 1971 es la fecha en la que Nacional empieza su conformación como un equipo grande y se acostumbra a pelear los puestos de arriba en la tabla. Ya con Hernán Botero como presidente de los verdolagas se logra el subcampeonato de 1971. En 1972 queda en el puesto número 4 y no logra hacerse con el título a raíz de las lesiones de las figuras de ese momento, Tito Manuel Gómez y Jorge Hugo Fernández, debuta en la Copa Libertadores pero es eliminado en primera fase. En 1973 logra su segunda estrella de la mano de César López Fretes cómo técnico ganándole al Deportivo Cali. En 1974 vuelve a quedar subcampeón por detrás de del Deportivo Cali, pero nuevamente clasifica a la Copa Libertadores 1975. En 1976, se empieza con un torneo muy irregular por lo que se contrata a Osvaldo Zubeldía, y se cambia la ideología en el verde, de la mano de uno de los técnicos más grandes en la historia del club, consiguiendo su tercer título por encima de Millonarios quien tenía más opciones de hacerse con el título. En 1977 (4º puesto), 1978 (3º puesto), 1979 (8º puesto), 1980 (4º puesto). En 1981, se empieza a presionar al equipo ya que iban 5 años sin títulos, Osvaldo Zubeldía con figuras como César Cueto logra el título ante el América de Cali.
Con la muerte de Osvaldo Zubeldía en 1982, hay un bajón fútbolistico en el equipo, en ese año el equipo queda en el puesto 6, y en la Copa Libertadores del mismo año no fue la excepción, pues quedó fuera en la fase de grupos. Un año desastroso para el verde de la Montaña, En 1983, se trajo como nuevo DT a Luis Cubilla, y a los jugadores Aparecido Donisette de Oliveira, ‘Sapuca’ y José Luis Brown, Nacional hizo una notable campaña, pero no le alcanzó y terminó en el 3 puesto. En 1984, trae a Gilberto Osorio como técnico y otros extranjeros como Jorge de Souza, ‘Didi’, el club pasó al octogonal final, pero se cayó en los partidos finales y termina en el puesto 7. En los años 1985 y 1986, el equipo no levanta cabeza y queda sexto en los dos años sin poder quitarle la hegemonía al América de Cali que llevaba 5 títulos consecutivos. Pero el equipo en general tuvo una época buena, ya que hizo hinchas en todo el país con su buen fútbol y sólo una vez se estuvo por debajo del 8º puesto, se obtuvieron 3 títulos, 2 subtítulos, y se empezó a ver la grandeza del equipo.
Época de títulos internacionales (1987-1999)
A principios de 1987, las directivas de Nacional decidieron darle vía libre al proceso de los criollos con el profesor Francisco Maturana como DT del equipo.
En 1987, el equipo queda en el puesto 3, con un gran campeonato, pero con algo de irregularidad pierde la oportunidad de ganar el título, con jugadores comoLeonel Álvarez y Luis Carlos Perea. En 1988, Nacional arma un gran equipo, con figuras como Víctor Marulanda y Oscar Córdoba, y en la parte técnica acompañando a Francisco Maturana, Juan José Peláez, Roberto Vasco y Hernán Darío Gómez, el equipo queda segundo y empieza a dar forma a lo que luego sería el equipo más glorioso del país, se da continuidad al proceso del criollismo, aunque no hubieran títulos todavía.
En 1989 gana la Copa Libertadores, siendo el primer equipo no perteneciente a la región del Río de la Plata en hacerlo, en la primera fase de la Copa compartió el grupo 3 con Millonarios, Deportivo Quito y Emelec, avanzó en la segunda posición por detrás de Millonarios con 7 puntos. En octavos de final se enfrentó aRacing Club perdiendo 1-2 en el partido de ida y ganando 2-0 en Medellín. En Cuartos de Final se enfrentó nuevamente a Millonarios empatando 1-1 en Bogotá y ganando 1-0 en Medellín. En Semifinales se encuentra con Danubio de Uruguay con quién empató 0-0 en Montevideo y goleó 6-0 en Medellín. En la gran final se enfrenta a Olimpia, en Asunción pierde 0-2 a pesar de hacer un gran partido y en Bogotá gana 2-0, ya en la definición por penaltis gana 5-4, siendo el último penalti pateado por Leonel Álvarez dándole así el primer título internacional de la mano del profesor Francisco Maturana. Jugó la Copa Intercontinental 1989frente al AC Milán pero también la perdió luego de un extenso partido que se pensaba se definiria por medio de los penaltis.
En 1990 el equipo queda segundo con una buena base que venía desde 1987, con Francisco Maturana, en la Copa Libertadores llega hasta las semifinales pero es eliminado por Olimpia, por ganar la Copa Liberadores tuvo derecho a jugar la Recopa Sudamericana 1989 pero la perdió frente al cuadro Boca Juniors 1 a 0, también disputó la Copa Interamericana 1990 frente al Pumas de la UNAM, ganándole en el resultado global 6 a 1. En 1991 Nacional queda campeón del torneo local frente al América de Cali, con jugadores como Alexis García, Faustino Asprilla, Víctor Aristizábal, Luis Fernando Herrera y Andrés Escobar, en la Copa Libertadores 1991 vuelve a llegar a las semifinales pero es nuevamente eliminado por Olimpia. En 1992 queda de segundo en el rentado domestico, siendo superados por el América de Cali en el cuadrangular, en la Copa Libertadores 1992 fue eliminado en cuartos de final también por el América de Cali. En 1993 fue eliminado rápidamente por laUniversidad Católica en octavos de final, en el campeonato colombiano queda tercero, por detrás de Junior e Independiente Medellín, por lo que no clasificó para la siguiente Copa Libertadores. En1994 Nacional vuelve a quedar campeón del torneo local con Juan José Peláez como técnico, gracias al gol de Juan Pablo Ángel contra Independiente Medellín, no tuvo participación en la Copa Libertadores pero si en la Supercopa Sudamericana pero quedó eliminado en la primera fase. En 1995 el equipo sale tercero en el rentado domestico y en la Copa Libertadores hace una destacada participación quedando subcampeón frente al Gremio de Porto Alegre perdiendo 4-2 en el resultado global, en ese mismo año el equipo es comprado por la Organización Ardila Lule. En el Campeonato colombiano 1995/96 queda tercero a 18 puntos del arrasador Deportivo Cali de ese torneo. En el Campeonato colombiano 1996/97 queda nuevamente tercero, en 1997 juega la Copa Interamericanafrente al Deportivo Saprissa, derrotándolo 3-2. En 1998 juega la Copa Merconorte quedando campeón frente al Deportivo Cali con un resultado global de 4-1, de la mano de Gabriel Jaime Gómez como DT del equipo, en el campeonato colombiano queda tercero, quedando segundo en la reclasificación y segundo en el cuadrangular final. En 1999 el club queda campeón frente al América de Cali conLuis Fernando Suárez como técnico y con jugadores como Miguel Calero y Víctor Marulanda, consiguiendo así el séptimo título local del equipo, en la Copa Merconorte 1999 es eliminado en primera fase.
Misma filosofía, mismos objetivos (2000-2011)
En el año 2000 gana su segunda Merconorte al superar a los Millonarios, pero haciendo una pésima actuación en el torneo local, quedándose por fuera del cuadrangular final, además de no haber alcanzado el objetivo de clasificar a los octavos de final de la Copa Libertadores 2000. En 2001 no hace nada rescatable pues queda nuevamente eliminado de los cuadrangulares semifinales de fin de año, y en la Copa Merconorte 2001 es eliminado del grupo D con 10 puntos. En el 2002 alcanzó la final de la Copa Sudamericana superando al América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo, en la final cayó 0-4 en Medellín ante San Lorenzo de Almagro y en el partido de ida empataron 0-0, en el torneo doméstico llegó a la final con América del Torneo Apertura 2002 pero también la pierde con un resultado global de 3-1, en el Torneo Finalización 2002 clasifica a los cuadrangulares pero queda último en su grupo con 5 puntos. En 2003 el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B), en la Copa Sudamericana 2003 supera al Deportivo Pasto, Liga de Quito y aBoca Juniors, pero en semifinales cae ante Cienciano del Cusco. En 2004 queda subcampeón en los dos torneos locales, en el Torneo Apertura 2004 frente al Independiente Medellín y Torneo Clausura 2004 frente al Junior. En 2005 el equipo logró hacerse con el Torneo Apertura 2005 de la mano del director técnico Sachi Escobar al Santa Fe, en el segundo semestre llega hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y queda eliminado de los cuadrangulares del torneo local. En el Apertura 2006 clasifica a los cuadrangulares finales pero queda tercero del grupo B con 6 puntos, en la Copa Libertadores 2006, donde fue eliminado a manos de la Liga Deportiva Universitaria de Quito en octavos de final, en el segundo semestre nuevamente llega a los cuadrangulares finales pero queda segundo en el grupo A, a pesar de todo suma en la reclasificación y pasa a disputar la Copa Sudamericana 2007.
Al siguiente año Atlético Nacional logra el bicampeonato, en el Torneo Apertura 2007 clasifica a los cuadrangulares de tercero y en el cuadrangular A supera al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe y en la final al Huila. En el segundo semestre hace una excelente fase regular y clasifica como primero a los cuadrangulares finales donde supera al América de Cali, al Cúcuta Deportivo y a Once Caldas y en la final a La Equidad. También para el segundo semestre, Nacional afrontó la Copa Sudamericana eliminando al Universitario de Perú, pero cayendo derrotado frente a Millonarios.
En 2008 baja su rendimiento notablemente tanto en el torneo local como en la Copa Libertadores 2008, pues en el Torneo Apertura 2008 queda 14 y no pasa a las semifinales y en el Torneo Clausura 2008 queda tercero en la fase regular pero en los cuadrangulares queda último de su grupo con 4 puntos. En 2009 hace su peor aparición en el torneo local al quedar en el puesto 17 en el Torneo Apertura 2009, luego en el Torneo Clausura 2009 logra clasificar a los cuadrangulares finales pero no obtiene los resultados deseados. En el Torneo Apertura 2010 con figuras como Giovanni Moreno y Víctor Ibarbo no logra clasificar a las semifinales y luego en el Finalización 2010 clasificó anticipadamente a los cuadrangulares finales pero fue rápidamente eliminado al terminar en el último lugar de su grupo con 5 puntos.
En el último torneo disputado, el Torneo Apertura 2011, resultó campeón derrotando a La Equidad en definición desde el punto penal. En elFinalización queda eliminado de los cuadrangulares semifinales.
